Nakon fermentacije potrebno je tretirati fermentativne aldehide. Za površinsku fermentaciju, čep treba odmah odvojiti od tekućine za fermentaciju, a potom čep i plitku posudu oprati malom količinom vode, te pomiješati tekućinu za fermentaciju i vodu za pranje. Limunsku kiselinu u čvrstoj fermentaciji treba ispirati vodom, temperatura vode 80 stupnjeva, ispirati 2 do 3 puta, natopiti i sjediniti. Fermentirana kiselina se filtrira pomoću filtarske preše, a filtrat i voda za pranje se kombiniraju i odvode u spremnik za filtrat. Limunska kiselina reagira s kalcijevim solima i kalcijevim bazama pri čemu nastaje kalcijev citrat koji se taloži iz tekuće faze i odvaja od topljivih nečistoća. Ako kiselina sadrži više oksalne kiseline, može se istaložiti u vrućoj otopini za neutralizaciju ispod pH vrijednosti 3, tako da se prvo odvoji oksalat. Krajnja točka neutralizacije testira se s preciznim test papirom, a pH vrijednost se održava na 6.0~6.8. Miješajte na oko 85 stupnjeva 30 minuta, tako da se kalcijev sulfat potpuno istaloži, filtrirajte. Kalcijev citrat s hidrolizom sumporne kiseline, prema sadržaju limunske kiseline u otopini za određivanje količine sumporne kiseline, općenito višak sumporne kiseline nije veći od 0,2 posto. Nakon kisele hidrolize, kiselina se filtrira. Pročišćavanjem otopine limunske kiseline uklanja se pigment, koloid, metalni kation kao što su željezni ion, kalcijev ion, bakarni ion, magnezijev ion i anionske nečistoće kao što je sulfatni ion adsorpcijskom dekolorizacijom i ionskom izmjenom.
Pročišćavanje se uglavnom provodi na kromatografskoj koloni, obezbojeni ugljik je GH-15 granulirani ugljik, a ionska smola je Yin i Yang smola. Koncentracija otopine za pročišćavanje limunske kiseline je samo 20 posto do 25 posto, a kristalizacija se može provesti samo ako je koncentrirana na više od 70 posto. Temperatura koncentracije ne smije biti previsoka, kako se ne bi razgradila limunska kiselina, koncentracija tekućine za pročišćavanje može se provesti pod negativnim tlakom, kako bi se uštedjela energija, može se koristiti isparivač s dvostrukim ili trostrukim učinkom. Zgušnjavanje se provodi u dvije faze. Nakon prvog zgušnjavanja stavlja se u taložnik radi očuvanja topline i slijeganja, a zatim se odstranjuje veći dio gipsa. Druga koncentrirana tekućina sadržavala je oko 80 posto limunske kiseline, koja je s vremenom ispuštena i kristalizirana. Druga koncentracija se može podići ili pločasti isparivač kako bi se smanjilo vrijeme kontakta između dovodne tekućine i toplinskog medija, što može poboljšati kvalitetu proizvoda. Različitim metodama kristalizacije mogu se dobiti različiti proizvodi, kristalizacija monohidrata limunske kiseline je 80 postotna otopina, temperatura je 55 stupnjeva, prirodno hlađenje uz miješanje u kristalizatoru, kada temperatura padne na 40 stupnjeva, dodaje se kristalno sjeme i počinje kristalizacija, kontrolna temperatura ne prelazi 36 stupnjeva, u ovom trenutku proizvod je monohidrat limunske kiseline; Ako se otopina koncentrira na 83 posto na 60 stupnjeva C, ohladi na 46 stupnjeva C i doda sjemenu, temperatura se održava na 40 ~ 60 stupnjeva C da se polagano kristalizira, i konačno smanji na 38 stupnjeva C, proizvod je bezvodan limunska kiselina. Kristalna komercijalna limunska kiselina dobiva se odvajanjem i centrifugiranjem kristalne paste.